Theo đó, tại KCN Tân Tạo hiện hữu, Tân Tạo đã ký hợp đồng cho một số ngân hàng thuê lại đất như: Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam (VietinBank) - Chi nhánh Tây Sài Gòn, Ngân hàng TMCP Đầu tư Phát triển Việt Nam (BIDV), công ty Cho thuê Tài chính II Nam Sài Gòn không đúng theo quy hoạch được duyệt.
Đồng thời, Ban Quản lý KCN đã đồng ý điều chỉnh quy hoạch không đúng thẩm quyền với tổng diện tích 95.774 m2 tại các khu đất đã được quy hoạch để xây dựng với mục đích khác (nhà máy xử lý nước thải , bãi rác công nghiệp, bể nước ngầm,... ); thuê đất để xây dựng công trình công nghiệp nhưng cho thuê lại hoặc đầu tư xây dựng công trình không đúng mục đích được quy hoạch, thu lợi bất hợp pháp hơn 98 tỷ đồng và và 233.819 USD.
Theo Thanh tra Chính phủ, Công ty Tân Tạo tự ý chia tách một số khu đất đã quy hoạch để xây dựng không đúng mục đích hoặc cho các doanh nghiệp khác thuê lại (tại các khu đất đã quy hoạch trồng cây xanh, kho tàng, bến bãi,...) với tổng diện tích 10.446 m2, thu lợi bất hợp pháp gần 9,6 tỷ đồng, gây lãng phí, thất thoát tài nguyên và tài sản của nhà nước.
Ban Quản lý KCN cấp phép xây dựng vượt so với quy hoạch: CTCP S.P.M vượt hai tầng, CTCP Khai thác và Phát triển Kho vận Tân Tạo vượt hai tầng, Công ty TNHH Việt Nam Paiho vượt 4 tầng.
Ngoài ra, Ban Quản lý KCN chưa có kế hoạch phòng ngừa sự cố môi trường và việc quản lý môi trường chưa đảm bảo theo yêu cầu.
Còn tại KCN Tân Tạo mở rộng, Ban Quản lý KCN đã cho 93 nhà đầu tư thuê lại đất và đã thu về tổng số tiền gần 1.042 tỷ đồng và hơn 5,8 triệu USD trong giai đoạn trước ngày 1/7/2014 nhưng đến nay chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính với nhà nước, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
Ban quản lý cho 5 nhà đầu tư thuê lại đất (CTCP Dược DANAPHA, Công ty TNHH Dây sợi Rồng Á Châu, Công ty TNHH S.T.D & S, Công ty TNHH MTV Sản xuất và Thương mại Mỹ phẩm Đăng Dương, Công ty TNHH Sản xuất TM XNK Tạ Minh Quang) trong giai đoạn từ 1/7/2014 đến thời điểm tháng 9/2017 với hình thức thu tiền một lần hơn 142 tỷ đồng, vi phạm quy định chỉ được cho thuê lại đất với hình thức trả tiền thuê đất hàng năm.
Kết luận của thanh tra cũng chỉ ra rằng, Tân Tạo chưa lập và trình đề án tổng thể về phát triển các công trình kết cấu hạ tầng; chưa báo cáo về nhu cầu phát triển các công trình kết cấu hạ tầng ngoài Khu công nghiệp mở rộng.
Cùng với đó, UBND TP.HCM phê duyệt điều chỉnh quy hoạch giảm từ 27,09 ha xuống còn 21,21 ha. Trong đó, đất kho bãi từ 2,8 ha xuống còn 1,24 ha (giảm 3,67 ha), đất xây dựng công trình đầu mối hạ tầng kỹ thuật từ 2,9 ha xuống còn 2,2 ha (giảm 0,7 ha); Phê duyệt bổ sung 10,55 ha làm trung tâm đào tạo nghề, phê duyệt tách 7.332 m2 đất quy hoạch công nghiệp để phục vụ dự án kinh doanh bãi đậu xe khi chưa có ý kiến của Bộ Xây dựng là vi phạm quy định tại Nghị định số 29 ngày 14/3/2008 của Chính phủ.
Ngoài ra, Tân Tạo vi phạm quy hoạch, không thực hiện trồng cây xanh đảm bảo theo quy định và quy hoạch được phê duyệt tại KCN Tân Tạo (3,13 ha) và KCN Tân Tạo mở rộng (7,15 ha).
Trên cơ sở đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND TP.HCM có biện pháp giải quyết và xử lý đối với các đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm, truy thu tiền sử dụng đất và thu hồi các khoản thu không hợp pháp.
Đồng thời, Thanh tra Chính phủ cũng yêu cầu chủ đầu tư sớm khắc phục các sai phạm, nhất là sai phạm liên quan đến sử dụng đất không đúng mục đích, xây dựng công trình không đúng quy hoạch, không có giấy phép xây dựng, chưa trồng cây trên đất trồng cây xanh theo đúng quy định của pháp luật.
Trước đó, vào năm 2018, Công ty TNHH TM-DV-XD Quốc Linh (Công ty Quốc Linh) có đơn yêu cầu mở thủ thục phá sản đối với Công ty Tân Tạo. Căn cứ Khoản 1 Điều 4 Luật phá sản năm 2014, theo đó "Doanh nghiệp, hợp tác xã mất khả năng thanh toán là doanh nghiệp, hợp tác xã không thực hiện nghĩa vụ thanh toán khoản nợ trong thời hạn 03 tháng kể từ ngày đến hạn thanh toán". Đến ngày 25/01/2018, TP.HCM đã ra Quyết định mở thủ tục phá sản số 56 đối với Công ty Tân Tạo.
Thế nhưng, dù đã có quyết định mở thủ tục phá sản, nhưng 4 năm qua, Công ty Tân Tạo đã không công khai quyết định mở thủ tục phá sản của TAND TP.HCM cho các chủ nợ, người mắc nợ, đối tác…
Bên cạnh đó, Công ty Tân Tạo cũng không hợp tác với Toà án, Quản tài viên, Doanh nghiệp quản lý, thanh lý tài sản được phía Toà án chỉ định. Từ đó, dẫn đến việc giải quyết phá sản đối với Công ty Tân Tạo gặp nhiều khó khăn và kéo dài.
Trước thông tin từ TAND TP.HCM, đã gây ra rất nhiều hoang mang cho nhà đầu tư, khiến cổ phiếu của Công ty Tân Tạo liên tục rớt. Ngay sau đó, bà Đặng Thị Hoàng Yến, Chủ tịch HĐQT Công ty Tân Tạo cho biết, đã có đơn kêu cứu đến các cơ quan chức năng. Đồng thời cho hay, Công ty Tân Tạo không hề có các hoạt động giao dịch kinh tế nào với Công ty Quốc Linh, mà chỉ là bên có quyền và nghĩa vụ liên quan.
