Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh trước ngày Nghị quyết có hiệu lực nhưng vẫn nằm trong thời hạn 03 năm có được miễn thuế không?
Khoản 4 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định:
“Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.”
Quy định này không kèm theo điều kiện doanh nghiệp phải được thành lập sau ngày Nghị quyết có hiệu lực, cũng không có điều khoản loại trừ doanh nghiệp đã thành lập trước đó nhưng chưa hết thời hạn 03 năm.
Trên thực tế, có không ít doanh nghiệp nhỏ và vừa được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước thời điểm Nghị quyết ban hành, song đến thời điểm Nghị quyết có hiệu lực vẫn chưa đủ 03 năm kể từ ngày được cấp giấy. Nếu Thông tư hướng dẫn không đề cập rõ cách xử lý nhóm doanh nghiệp này, rất dễ phát sinh hai cách hiểu trái ngược:
Cách hiểu thứ nhất: Chỉ doanh nghiệp thành lập sau ngày Nghị quyết có hiệu lực mới được miễn thuế;
Cách hiểu thứ hai: Mọi doanh nghiệp nhỏ và vừa còn trong “chu kỳ 03 năm” đều được hưởng ưu đãi cho phần thời gian còn lại.
Sự thiếu rõ ràng này không chỉ ảnh hưởng trực tiếp đến quyền lợi của doanh nghiệp, mà còn gây khó khăn cho cơ quan thuế trong quá trình áp dụng, làm giảm tính thống nhất của hệ thống pháp luật thuế. Do đó, Thông tư hướng dẫn cần có quy định chuyển tiếp cụ thể, làm rõ việc áp dụng ưu đãi đối với các doanh nghiệp đã được cấp giấy đăng ký trước ngày Nghị quyết có hiệu lực nhưng vẫn còn trong thời hạn 03 năm.
Doanh nghiệp không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Doanh nghiệp – nguy cơ bị bỏ sót đối tượng thụ hưởng chính sách
Một vấn đề khác cũng cần được Bộ Tài chính đặc biệt quan tâm là đối tượng doanh nghiệp không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Doanh nghiệp, do đó không được cấp “Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp” theo Luật Doanh nghiệp, mà hoạt động trên cơ sở giấy phép chuyên ngành do các cơ quan khác cấp.
Thực tiễn cho thấy, có nhiều tổ chức kinh doanh hợp pháp, có phát sinh thu nhập chịu thuế, có tư cách pháp lý độc lập và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế, ví dụ như:
Trung tâm ngoại ngữ, trung tâm đào tạo kỹ năng do Sở Giáo dục và Đào tạo cấp phép;
Công ty luật, văn phòng luật sư do Sở Tư pháp cấp phép;
Một số đơn vị sự nghiệp có hoạt động sản xuất – kinh doanh theo cơ chế tự chủ tài chính.
Các tổ chức này vẫn là người nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo Luật Thuế TNDN, nhưng không có “Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp” để làm căn cứ xác định thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi theo cách diễn đạt hiện nay của Nghị quyết.
Nếu Thông tư hướng dẫn chỉ máy móc bám vào cụm từ “Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp” mà không có quy định tương đương (như giấy phép thành lập, giấy phép hoạt động, quyết định cho phép thành lập), thì vô hình trung một bộ phận không nhỏ các chủ thể kinh doanh hợp pháp sẽ bị loại khỏi chính sách miễn thuế, dù xét về bản chất và mục tiêu hỗ trợ thì họ hoàn toàn phù hợp với tinh thần của Nghị quyết 198/2025/QH15.
Một số kiến nghị
Từ những phân tích trên, có thể thấy rằng vai trò của Thông tư hướng dẫn là hết sức quan trọng, không chỉ dừng lại ở việc “nhắc lại” nội dung Nghị quyết, mà còn phải cụ thể hóa, làm rõ và xử lý các tình huống pháp lý phát sinh trong thực tiễn.
Vì vậy, đề nghị Bộ Tài chính khi xây dựng Thông tư hướng dẫn:
Quy định rõ cơ chế áp dụng ưu đãi đối với doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước ngày Nghị quyết có hiệu lực nhưng vẫn chưa hết thời hạn 03 năm;
Bổ sung quy định về đối tượng tương đương Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp đối với các tổ chức kinh doanh hợp pháp không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Doanh nghiệp;
Tránh để việc diễn đạt không rõ ràng dẫn đến cách hiểu khác nhau giữa các địa phương, gây rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp và cơ quan quản lý.
Việc làm rõ các nội dung nêu trên không chỉ bảo đảm tính thống nhất, minh bạch của pháp luật, mà còn góp phần hiện thực hóa đầy đủ mục tiêu hỗ trợ doanh nghiệp – đúng như tinh thần mà Nghị quyết 198/2025/QH15 đã đặt ra.
