Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Nguyễn Quốc Dũng sinh năm 1964 tại Hà Nội. Ông tốt nghiệp Cử nhân Quan hệ Quốc tế, Đại học Ngoại giao Việt Nam (nay là Học viện Ngoại giao) năm 1986; thạc sĩ Quan hệ Quốc tế, Đại học Birmingham, Vương quốc Anh (1993-1995).
Với hơn 26 năm làm việc trong ngành ngoại giao, ông đã trải qua nhiều vị trí công tác khác nhau liên quan đến các lĩnh vực hội nhập quốc tế, ngoại giao song phương và đa phương, nghiên cứu kinh tế quốc tế, chính sách đối ngoại và công tác xây dựng Ngành.
Ông bắt đầu sự nghiệp ngoại giao từ tháng 3/1990 khi được phân công công tác tại Vụ Châu Âu 2 (nay là Vụ Châu Âu), Bộ Ngoại giao, và được cử đi công tác nhiệm kỳ tại Đại sứ quán Việt Nam tại Cộng hòa Liên bang Đức với cương vị Tùy viên rồi Bí thư thứ Ba (từ tháng 4/1996 – 5/1999). Sau khi trở lại công tác tại Bộ Ngoại giao, ông được bổ nhiệm làm Phó Vụ trưởng Vụ Tổ chức Cán bộ (tháng 10/2002).
Từ tháng 8/2003 - 3/2005, ông giữ chức Phó Vụ trưởng – Phó Chánh Văn phòng Bộ, Thư ký Bộ trưởng Ngoại giao. Trong giai đoạn từ tháng 3/2005 – 8/2007, ông lần lượt giữ chức Quyền Vụ trưởng Vụ Tổ chức Cán bộ, Quyền Vụ trưởng rồi Vụ trưởng Ban Thư ký APEC Quốc gia 2006 và Vụ trưởng Nhóm Tư vấn Lãnh đạo Bộ.
Sau khi hoàn thành nhiệm kỳ công tác tại Đại sứ quán Việt Nam tại Hungary, kiêm nhiệm Croatia, Bosnia và Herzegovina và Albania với cương vị Đại sứ Đặc mệnh Toàn quyền (2007 – 2011), ông trở lại công tác tại Bộ Ngoại giao.
Từ 2011 đến 8/2016, ông giữ chức Vụ trưởng Vụ Tổng hợp Kinh tế, sau đó là Vụ trưởng Vụ Tổ chức Cán bộ. Từ tháng 3/2015, ông đảm nhận cương vị Trợ lý Bộ trưởng Ngoại giao, Vụ trưởng Vụ Tổ chức Cán bộ, Phó Bí thư Đảng ủy Bộ Ngoại giao. Tháng 12/2015, ông được bầu làm Ủy viên Ban Cán sự Đảng Bộ Ngoại giao.
Tháng 8/2016, ông được bổ nhiệm giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Ngoại giao.