Theo điều tra, từ năm 2017, ông Nguyễn Cao Trí quen bà Trương Mỹ Lan (Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát). Sau đó, cả hai bên đã có hợp tác đầu tư một số dự án bất động sản và mua cổ phần Công ty.
Cụ thể, bị can Trí đã nhiều lần nhận tiền của bà Trương Mỹ Lan, với tổng cộng là 1.000 tỷ đồng, thông qua 3 hình thức gồm: Chuyển nhượng 65% vốn điều lệ Công ty Cao su Công nghiệp, mua 100% vốn điều lệ Công ty Sài Gòn Đại Ninh và đầu tư dự án tại huyện Hải Hà (tỉnh Quảng Ninh).
Từ tháng 12/2017, bị can Trí thống nhất chuyển nhượng cho bà Lan 65% vốn điều lệ Công ty Cao su Công nghiệp với giá 45 triệu USD.
Tiếp đó, bà Lan đã thanh toán số tiền 21,25 triệu USD (gần 500 tỷ đồng) để mua toàn bộ 30% vốn điều lệ mà bị can Trí đang sở hữu. Để hợp thức hoá, Nguyễn Cao Trí đã chỉ đạo những người đứng tên hộ ký hợp đồng ủy thác đầu tư để chuyển toàn bộ cổ phần cho phía thông qua người đại diện.
Cơ quan điều tra xác định, việc ủy thác đầu tư này thực chất là mua bán cổ phần chưa được chuyển nhượng. Hợp đồng ủy thác là thỏa thuận cá nhân giữa Trí và bị can Trương Mỹ Lan, không báo cáo Công ty Cao su Công nghiệp. Trên thực tế, tất cả tiền đều do bị can Trương Mỹ Lan bỏ ra.
Đối với dự án Khu đô thị thương mại, du lịch, nghỉ dưỡng sinh thái Đại Ninh (huyện Đức Trọng, tỉnh Lâm Đồng) của công ty Sài Gòn Đại Ninh do bà Phan Thị Hoa làm Chủ tịch HĐQT, không liên quan đến Trí.
Thế nhưng, đến năm 2020, Trí ký hợp đồng với bà Hoa thỏa thuận về việc mua lại 100% vốn điều lệ với giá 5.000 tỷ đồng. Sau đó, Trí đã sở hữu thành công 58% vốn điều lệ, trở thành người đại diện theo pháp luật của Công ty Sài Gòn Đại Ninh. Đồng thời, Trí đã thanh toán cho bà Hoa 2.230 tỷ đồng.
Sau khi mua cổ phần Công ty Sài Gòn Đại Ninh, bị can Trí lập tức thỏa thuận bán lại cho bà Trương Mỹ Lan 100% vốn đang sở hữu với giá 3.000 tỷ đồng. Bị can Trương Mỹ Lan 5 lần chuyển tiền đặt cọc cho Trí với tổng cộng 20 triệu USD (khoảng 460 tỷ đồng) và 127 tỷ đồng.
Một thời gian sau, bị can Lan đổi ý và không mua cổ phần của Công ty Sài Gòn Đại Ninh nữa nên chuyển 1 triệu USD đặt cọc và 127 tỷ đồng thành mua 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang.
Đối với dự án khu công nghiệp tại huyện Hải Hà, Cơ quan điều tra xác định giữa năm 2020, Công ty CP Tập đoàn Bến Thành Holdings Group của Trí xin nghiên cứu đầu tư dự án này và được UBND tỉnh Quảng Ninh chấp thuận.
Sau đó, Trí đồng ý cho bị can Trương Mỹ Lan cùng tham gia. Sau khi đã chuyển 9,5 triệu USD (220 tỷ đồng), nữ Chủ tịch Vạn Thịnh Phát thay đổi ý định, không tiếp tục tham gia dự án mà đề nghị chuyển số tiền trên cùng một số khoản khác để mua 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang.
Cơ quan điều tra xác định cả 3 khoản tiền đầu tư trên đều không có giấy tờ, biên nhận nên tháng 1/2021, Trí gặp bị can Trương Mỹ Lan đã thống nhất cầm 1.000 tỷ đồng (827 tỷ đồng gốc và 173 tỷ tiền lãi) của nữ Chủ tịch Vạn Thịnh Phát.
Để bị can Trương Mỹ Lan tin tưởng, Trí đồng ý chuyển nhượng 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang cho người đại diện của nữ Chủ tịch Vạn Thịnh Phát đứng tên.
Tại Cơ quan điều tra, ban đầu, ông Trí phủ nhận việc nhận tiền của bà Lan, mà chỉ hợp tác với Tập đoàn Vạn Thịnh Phát trong việc tài trợ 2.000 máy thở để phòng chống dịch Covid – 19. Ngoài ra, bị can Trí cũng cho rằng Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát vu khống, bôi nhọ danh dự của mình.
Trước lời khai của Trí, bà Trương Mỹ Lan đã có đơn yêu cầu làm rõ, xử lý hành vi của ông Trí và thu hồi số tiền 1.000 tỷ đồng để giải quyết theo quy định pháp luật.
Sau đó, bị can Nguyễn Cao Trí đã thừa nhận hành vi phạm tội, có đơn đề nghị gia đình nộp tiền khắc phục hậu quả và gia đình đã nộp 640 tỷ đồng vào tài khoản tạm giữ của Cơ quan điều tra. Bên cạnh đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tiến hành kê biên 7 bất động sản do vợ chồng ông Trí đứng tên với tổng trị giá hơn 266 tỷ đồng; thu giữ số tiền mặt gần 94 tỷ đồng, trong đó gồm 3,3 triệu USD. Tổng cộng số tiền là hơn 1.001 tỷ đồng.
