Theo dự thảo, về cơ cấu tổ chức, giữ nguyên 24 tổ chức theo Nghị định số 12/2017/NĐ-CP gồm: Vụ Kế hoạch-Đầu tư, Vụ Tài chính, Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông, Vụ An toàn giao thông, Vụ Pháp chế, Vụ Vận tải, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Quản lý doanh nghiệp, Vụ Tổ chức cán bộ, Thanh tra, Văn phòng, Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Y tế Giao thông vận tải, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Đăng kiểm Việt Nam, Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông, Trung tâm Công nghệ thông tin, Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải, Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải, Báo Giao thông, Tạp chí Giao thông vận tải.
Điểm mới của dự thảo là đề xuất Hợp nhất Vụ Khoa học-Công nghệ với Vụ Môi trường thành Vụ Khoa học-Công nghệ và Môi trường. Lý do là hiện nay lĩnh vực khoa học - công nghệ và lĩnh vực môi trường là các lĩnh vực tương đối gần gũi, gắn bó mật thiết với nhau.
Bên cạnh đó, dự thảo đề xuất đổi tên Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông thành Cục Quản lý xây dựng công trình giao thông.
Lý do vì việc quản lý hoạt động đầu tư xây dựng có rất nhiều nội dung, trong đó công tác quản lý chất lượng chỉ là một nội dung của quản lý xây dựng. Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông được giao thực hiện công tác quản lý đầu tư xây dựng từ giai đoạn chuẩn bị dự án đến giai đoạn hoàn thành, bàn giao đưa công trình vào khai thác sử dụng. Do vậy, cần thiết đổi tên Cục để phản ánh đầy đủ, toàn diện chức năng, nhiệm vụ của Cục.
Đối với Cục Y tế GTVT: Việc sắp xếp lại Cục Y tế GTVT cũng cần có thời gian để bảo đảm giải quyết dứt điểm việc chuyển giao các cơ sở khám chữa bệnh về địa phương quản lý. Vì vậy, trong dự thảo Nghị định đề nghị tiếp tục quy định tên tổ chức này, đồng thời quy định việc sắp xếp tổ chức này thực hiện theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
